La Segreteria è l'organismo che attua le decisioni del Comitato Centrale e assicura la gestione continuativa della Fiom.

Risponde della propria attività al Comitato Centrale stesso. La Segreteria funziona e decide collegialmente e si riunisce su convocazione del Segretario generale o su richiesta di 1/4 dei suoi componenti.

Ogni componente della Segreteria - sulla base dell'incarico operativo affidatogli dalla stessa, su proposta del Segretario generale - risponde del suo operato all'organo esecutivo.

La Segreteria, su proposta del Segretario generale può revocare, motivatamente, l'incarico operativo. Dell'incarico affidato ai singoli componenti o della revoca dello stesso, deve essere data comunicazione tempestiva al Comitato Centrale, in un'apposita riunione.

Su proposta del Segretario generale la Segreteria può, altresì, nominare un Vice Segretario generale con funzioni vicarie.

La Segreteria si doterà di un regolamento di funzionamento che normerà lo svolgimento della sua attività.

La Segreteria nazionale è nell'ambito del mandato ricevuto dal Comitato Centrale, l'organismo di direzione della Fiom.

La Segreteria funziona collegialmente sulla base della ripartizione dei compiti e delle responsabilità.

Al Segretario generale spetta il coordinamento del lavoro della Segreteria nonché la rappresentanza della Fiom agli effetti giuridici.

La Segreteria decide a maggioranza. Essa risponde della propria attività al Comitato Centrale.

La Segreteria assicura altresì la direzione quotidiana delle attività federali e mantiene un contatto permanente con le strutture regionali e territoriali, nonché tutte le interlocuzioni politiche e sindacali esterne.

Essa delibera su tutte le questioni che rivestono carattere di urgenza.

La Segreteria provvede all'organizzazione e al funzionamento del Centro nazionale della Fiom, ne coordina l'attività nei vari campi; conferisce incarichi e modalità ai funzionari federali e ai collaboratori tecnici; presenta al Comitato Centrale, per l'approvazione, i bilanci della Federazione nazionale.

La rappresentanza legale della Fiom di fronte a terzi e in giudizio è attribuita:

a) al Segretario generale, per tutte le materie ad eccezione di quelle previste al punto successivo;

b) ad altra persona, nominata con formale delibera della Segreteria federale, per tutti i negozi giuridici di carattere amministrativo, fiscale, previdenziale, finanziario e della sicurezza del lavoro; con analoga delibera la Segreteria della Fiom può revocare in qualsiasi momento e senza preavviso tale nomina, provvedendo contestualmente alla formalizzazione di una nuova nomina; di tali delibere viene formalmente informato il Comitato Centrale. In caso di impedimento o di assenza, la rappresentanza di cui al punto a) è affidata al Vice Segretario o, in assenza o per impedimento di questi, ad altro componente della Segreteria.

La segretaria generale della Fiom è Francesca Re David, eletta alla carica dall'Assemblea generale del 14 luglio 2017.

Il segretario generale ha nel suo lavoro responsabilità in relazione ai compiti istituzionali e di rappresentanza nazionali e internazionali.